Nel 1983 alcuni ricercatori dell'Istituto di Fisica dell'Università istituirono il museo, assumendosi la responsabilità di tutta la strumentazione di interesse storico, inventariando e catalogando la collezione tra 1983 e 1987. Come informa il sito ufficiale, il museo si compone di tre grandi nuclei storici di età differente; le vicende relative alla formazione delle raccolte strumentarie sono complesse e stratificate. Il primo nucleo può essere riconosciuto nella collezione giunta a Napoli a seguito di Carlo di Borbone, proveniente da Parma e Piacenza e arricchitasi nel corso dei decenni. Il secondo nucleo unisce alcuni pezzi provenienti dalla collezione di Ferdinando I e alcuni provenienti dal Gabinetto Fisico nato in epoca murattiana. Dopo numerosi spostamenti dovuti agli eventi politici, in epoca postunitaria gli strumenti del gabinetto sono stati divisi tra vari gabinetti universitari in cui sono confluiti importanti strumenti della collezione del fisico Macedonio Melloni, che oggi costituisce il terzo nucleo dell'attuale museo. La sezione del sito dell'Università Federico II, dedicata al Museo del Dipartimento delle Scienze Fisiche, offre una ricchissima serie di informazioni tra cui immagini e schede relative agli strumenti ospitati dal museo. Un ulteriore contributo viene offerto dal lavoro del Direttore del Museo di Fisica Prof. Edvige Schettino: Le collezioni Strumentarie del Museo di Fisica. Sul portale di YouTube, all'interno di un video sui Musei dell'Università Federico II è presente una parte dedicata al Museo di Fisica.