Gli scavi ebbero inizio nel 1748, sotto il Regno di Carlo di Borbone, con l'obiettivo principale di ricercare oggetti preziosi e riportare alla luce opere di particolare bellezza per conferire alla casa reale maggiore prestigio. La campagna di ricerca fu affidata all'ingegnere militare Roque Joachim de Alcuiberre al quale successe nel 1780 l'architetto Francesco La Vega. All'inizio gli scavi vennero effettuati in modo discontinuo e in punti diversi dell'area, che solo dopo qualche anno fu identificata come Pompei. Vennero riportate alla luce parte della necropoli fuori porta Ercolano, l'Anfiteatro, dei Praedia di Iulia Felix e della via dei Sepolcri. Tuttavia la mancanza di ritrovamenti di oggetti di valore, fece spostare l'attenzione nuovamente su Ercolano ed il cantiere fu chiuso. Gli scavi a Pompei ripresero nel 1754 grazie anche all'entusiasmo prodotto dal ritrovamento della Villa dei Papiri ad Ercolano e riguardarono per lo più diverse zone già individuate negli anni precedenti come i Praedia di Iulia Felix e la Villa di Cicerone nei pressi di Porta Ercolano. Grazie alle intuizioni dì Francesco La Vega si voltò tuttavia ben presto pagina nella storia degli scavi, tentando di dare organicità alle ricerche, per arrivare a rendere visitabile almeno una parte della città. Gli scavi furono coronati dal più ampio successo con il rinvenimento del Teatro Grande, proprio in direzione di Porta Ercolano. Tra il 1764 e il 1766 per volere del nuovo re Ferdinando I e soprattutto della moglie Maria Carolina tornarono alla luce l'Odeion, la caserma dei Gladiatori, il Foro Triangolare e il Tempio di Iside la cui scoperta destò grande scalpore ed il cui apparato decorativo influenzò fortemente il mondo artistico coevo. Il decennio napoleonico (1806-1815) vide un incremento degli scavi, grazie al forte interesse per le scoperte archeologiche dei regnanti napoleonici, in particolare di Carolina Bonaparte, moglie di Gioacchino Murat. Dopo la caduta dei regnanti napoleonici ed il ritorno di Ferdinando di Borbone a Napoli, ebbe inizio il secondo periodo degli scavi borbonici (1816-1860) caratterizzato da un'alternanza di momenti di grande impegno ed altri in cui, in particolare per le frequenti crisi economiche del Regno, vi fu un vero e proprio blocco delle attività. Agli inizi degli anni '30 si rinvenne poi la Casa del Fauno con la sua raffinata decorazione musiva, in particolare il famoso mosaico con la battaglia di Alessandro e Dario.