Come qui accennato, la sezione custodisce un'imponente raccolta di manoscritti, molti dei quali di altissimo pregio. Dal punto di vista cronologico, la raccolta copre un arco temporale di circa quindici secoli. Il manoscritto più antico risale infatti al V secolo d. C., ma è possibile trovare manoscritti di autori novecenteschi tra cui, a titolo d'esempio, Giuseppe Ungaretti.
Questa parte del tour virtuale intende fornire una breve descrizione di alcune delle opere più importanti custodite all'interno della sezione. Si è scelto di selezionare, ai fini di una più agevole fruibilità, un manoscritto per ogni secolo rappresentato, così da offrire al lettore - visitatore un piccolo ma gustoso assaggio di quanto posseduto dalla Biblioteca. Discorso a sé meritano i manoscritti del Leopardi, ai quali, per ovvi motivi, si è ritenuto di dover dedicare maggiore attenzione. 

Evangelia

Dioscorides

Evangelia (IX secolo)

P. Vergilius Maro

P. Ovidius Nasus, Metamorphoses

Martyrologium

Petrus Pictavensis

M. Severinus Boetius