Domenico Fontana nacque a Melide, nel Canton Ticino, nel 1543. All'età di vent'anni si trasferì a Roma lavorando sotto l'egida di papa Sisto V al progetto di riqualificazione urbana della città. Tra le altre cose si occupò della sistemazione degli obelischi in piazza San Pietro, in Santa Maria Maggiore, in San Giovanni in Laterano e in piazza del Popolo. I lavori furono celebrati dallo stesso Fontana in un libro pubblicato nel 1590, cui seguì un testo dedicato all'illustrazione delle opere realizzate per Bari e Napoli, intitolato Libro secondo in cui si ragione delle fabriche fatte in Roma et in Napoli. Nel 1592, infatti, fu chiamato a Napoli dal viceré conte de Miranda, ricoprendo l'incarico di architetto Regio e ingegnere maggiore. Si occupò della realizzazione di interventi urbanistici e infrastrutturali quali l'apertura delle strade intorno a Castel Nuovo, della via Marina e della via Santa Lucia. Sistemò le tombe angioine nel duomo di Napoli e la sala del Parlamento in San Lorenzo Maggiore. Come testimoniato dall'iscrizione in una delle colonne dell'ingresso di Palazzo Reale, dal 1600 al 1602, fu attivo nella costruzione dell'edificio.
Morì a Napoli il 28 luglio 1607 e fu sepolto nella chiesa di sant'Anna dei Lombardi.